間違ったこと書いてました。ごめんなさい。
1. システムに IPAフォント をインストール(ttfをコピー)
2. dvipdfmx -f ptex-ipa.map
みたいにすればそれでよさそうです。

古い記事:
Cygwin上のtex環境でIPAフォントの埋め込みについて述べる。
まず、IPAフォントをダウンロードページからダウンロードする。 ファイルを /usr/share/fonts/OTF にコピーする。
mkfontdir, mkfontscale をする。
/usr/local/teTeX/share/texmf/fonts/map/dvipdfm の otf-ipa.map を編集する。
.ttf を .otf に変える。

rml		H			ipam.otf
rmlv		V			ipam.otf
gbm		H			ipag.otf
gbmv		V			ipag.otf

を書き加える。
mktexlsr を走らせる。
dvipdfmx -f otf-ipa.map ~~.dvi
で埋め込みが可能になる。